Choroby autoimmunologiczne (zwane także chorobami z autoagresji) zaliczane są do grupy chorób, w których układ immunologiczny (odpornościowy) organizmu niszczy własne komórki i tkanki. Zalicza się do nich m.inn. toczeń rumieniowaty, reumatoidalne zapalenie stawów; wrzodziejące zapalenie jelita grubego, chorobę Leśniowskiego-Crohna, choroby tarczycy: Hashimoto i Gravesa-Basedowa;miastenia, bielactwo, łuszczycę, sarkoidozę.